파이썬 프로그래밍을 할 때 거의 묻지도 따지지도 않고 import하는 패키지가 2개정도 있다. pandas numpy pandas는 데이터를 table 형태로 저장하고 처리하는데 특화되어있는 패키지인데, 대부분의 Database가 relational database, 즉 table 형태로 데이터를 표현하기 때문에 반드시 알아두어야 할 패...

살면서 몇번이나 하게될지 모를, 그래서 까먹기 쉬운 프라이머 디자인 하는 법을 이참에 정리해보자. 특히 이번 포스트에서 정리할 내용은 종 특이적 (species-specific) 프라이머를 디자인하는 방법이다. 전체적인 workflow는 아래 논문을 참고하여 진행했다. Design of PCR assays to specifically detect a...

마이크로바이옴 데이터를 볼 때 항상 빠지지 않고 보는 분석이 바로 다양성 (Diversity) 분석이다. 그런데 할 때마다 예전에 코드 어떻게 짰었는지를 까먹고, 예전코드를 뒤적이는게 귀찮아서 이참에 블로그에 정리해본다. 마이크로바이옴 조성 (Microbiome profile)은 주로 16S rRNA를 사용해 추정하지만, Shotgun WGS데이터로...

파이썬으로 데이터분석을 진행할 때, 생각보다 많은 시간을 잡아먹는 구간이 있다. 바로 데이터 입출력 이다. 대부분 별로 중요하지 않게 생각하는데 (내가 주로 그렇다) 실질적인 러닝타임에 영향을 주기도 하고, storage의 압박에 시달리기 시작한다면 한 번쯤 써볼만한 내용을 정리해보려고 한다. 앞으로 서술할 내용을 사용하기위해 필요한 패키지는 다음과...

책리뷰라고 썼지만, 그냥 떠오르는 생각들의 주저리주저리 저자 책 이름 시작 일 완독 일 이규황 『왜 의학이 발전해도 우리는 계속 아플까?』 23/01/30 23/01/31 간략한 소감 내 진...

이 글에는 유료광고가 포함되어있지 않고, 순수한 개인의 경험을 바탕으로 작성되었습니다. 여행을 마무리하며 블로그 첫 글로 여행기나 써본다. 강릉은 매년 연초 주기적으로 놀러오는 곳인데, 놀랍게도 강릉에 연고는 1도 없다 ㅋㅋㅋ 원래 매년 가던 곳은 강문해변이나 안목해변쪽이지만 올해는 정동진으로왔다🙃 블로그 글을 쓸 계획이 없었던 터라 사진이 ...

Journal Date IF Authorship doi Briefings in Bioinformatics Jul, 2022 11.622 First Author https://doi.org/10.1093...

Journal Date IF Authorship doi Journal of Korean Medical Science Jul, 2021 1.705 Co-Author https://doi.org/10.33...

Journal Date IF Authorship doi Journal of Microbiology Feb, 2021 2.845 First Author https://doi.org/10.1007/s122...

Journal Date IF Authorship doi BMC bioinformatics Jan, 2021 3.242 Co-Author https://doi.org/10.1186/s12859-020-0...